白云山完成非公开发行A股股票334,711,699股，并在中国证券登记结算有限责任公司上海分公司办理完毕登记托管手续。

5月广州药业完成对白云山股份的换股吸收合并工作，新增股份于2013年5月23日正式上市流通。

7月，经广州市工商行政管理局核准，广州药业正式更名为“广州白云山医药集团股份有限公司”。

8月29日，公司在上交所和香港联交所的证券简称变更为“白云山”。上述重大资产重组完成后，公司总股本为1,291,340,650股，广药集团持股58,422.80万股，占公司总股本的45.24%。

本公司属下子公司转让所持广州医药有限公司股权及医药公司增资。

2月23日广州药业股份有限公司属下星群药业、中一药业、王老吉药业、潘高寿药业、奇星药业、陈李济药厂及敬修堂药业与广州白云山制药股份有限公司及其属下六家企业签订了《关于设立广州医药足球俱乐部有限公司协议》。根据该协议书,全体股东以现金方式出资人民币2,000万元,共同设立广州医药足球俱乐部有限公司。

2月6日,广州药业股份有限公司与广州医药集团有限公司签订《产权交易合同》。根据该合同,本公司出资人民币3,888,713.99元收购广药集团持有广州医药集团盈邦营销有限公司51%股权,占盈邦公司于2003年10月31日资产评估基准日之净资产值人民币7,624,929.40元的51%。收购完成后,本公司将持有盈邦公司51%的股权,而广药集团则持有盈邦公司49%的股权。

5月25日，汉方公司召开董事会，就该公司增资扩股事项做出决议。增资完成后，汉方公司注册资本将由人民币8,328.43万元增至人民币12,776.43万元，而广州药业则将持股70.04％；同日，汉方公司召开2004年第1次临时股东大会，汉方公司原股东均同意在该公司原股本结构上由广州药业以现金形式向该公司增资人民币4,448万元。广州汉方现代中药研究开发有限公司系广州药业股份有限公司之子公司。

11月8日,广州药业与广药集团签订《商标许可协议补充协议》(“补充协议”)。根据补充协议,广州药业同意终止王老吉药业产品现时使用的5个商标的独家使用权,而广药集团亦同意许可本集团另外36个商标的独家使用权。由于同兴药业向王老吉药业增资完成后,王老吉药业将不再是本公司之子公司,而是本公司之联营公司。因此，王老吉药业也不可使用商标许可协议中的许可商标。根据补充协议,本次增资完成及王老吉药业变更为外商投资的股份有限公司后,本公司将有权获得广药集团从王老吉药业收取的年度许可费用的47%。

2月6日，广州药业A股正式在上海证券交易所挂牌交易，第一手交易价格为13.00元/股，公司总股本由2001年期初的73290万股增至2001年上半年其摸的81090万股，国家股占总孤本比例由70%降至62.26%,流通股占总股本比例由30%增至36.74%。

2月21日，同意北京中医药大学将其享有的广京中药技术创新中心30%的股权转让予广州市医药工业研究所，广京中药技术创新中心实行更名。

8月27日，广州药业成立广州拜迪生物医药有限公司。该公司注册资本2000万元人民币，其中，广州药业持股82%，广州市医药工业研究所持股10%，广州拜迪生物医药有限公司管理层个人持股8%。

9月27日，广州药业召开第二届第八次董事会会议，审议通过本公司下属全资企业广州市医药公司以39239480元人民币的价格购买广州医药集团有限公司下属全资企业广州市医药物资供应公司拥有的穗康大楼的关联交易的议案。

10月19日，广州药业与独立第三方英国Oplmind International Holding Limited 签署合同，双方同意以合作形式在英国伦敦设立广州药业（英国）有限公司。本公司以“广州药业”及“采芝林”的品牌在英国及欧共体国家的独家使用权出资，将占该公司总股本的20%，Oplmind International Holding Limited以现金出资，将占该公司总股本的80%。

12月31日，广州药业司属企业广州市医药公司和广州中药一厂改制成功。广州市医药公司改制为“广州医药有限公司”。本公司持有约90%股权，敬修堂和潘高寿两家法人单位和医药公司高级管理人员、中层管理人员及技术骨干合计持股约10%。广州中药一厂改制为“广州中一药业有限公司”，本公司持有约90%股份，广州医药有限公司和广州中一药业有限公司高级管理人员、中层管理人员及技术骨干合计持股约10%。上述两家企业的成功改制标志着广州药业建立现代企业取得突破性的进展。

10月18日，广州药业召开第二次临时股东大会，会议审议通过关于A股的议案。12月22日，获得证监会批文，核准我司增发不超过一亿股A股。

11月2日，广州药业与广州空军医院在白天鹅宾馆正式签署关于合作研制“抗乙型肝炎病毒双质粒基因疫苗”的协议书，为开拓生物基因药物领域迈开了第一步。

6月17日，公司成立CI领导小组，下发CI手册，正式通知下属企业全面到如企业识别系统，严格按照CI手册标准，统一企业广告、宣传行为。

12月经董事会批准，公司斥资1500万元在广州药业本部及属下企业实施SAP-R3管理系统，并聘请德勤管理公司作为实施顾问，正式启动ERP工程。

1月，属下广州陈李济药厂新厂房投产。

4月，本公司与北京中医药大学正式签署协议书,共同合作兴建"中药技术创新中心",在新药开发、中药工程技术的改进和应用方面加强合作，这将会加快本公司新产品研制开发和新技术应用进度。

4月，本公司与香港和兴白花油公司正式签署协议，本公司成为“和兴白花油”中国内地总经销。

白云山成立,由广州医药集团有限公司属下的八家中成药制造企业和三家医药贸易企业经重组后成立,主要从事中成药的制造与销售，中药、西药与医疗器械的批发、零售与进出口及天然药物与生物医药的研究开发。